SAMTOOLSResource NameSAMTOOLSProper CitationSAMTOOLS (RRID:SCR_002105)AbbreviationsSAMtoolsResource Typesoftware application, software resource, data analysis software, software toolkit, data processing software, sequence analysis softwareDescriptionOriginal SAMTOOLS package has been split into three separate repositories including Samtools, BCFtools and HTSlib. Samtools for manipulating next generation sequencing data used for reading, writing, editing, indexing,viewing nucleotide alignments in SAM,BAM,CRAM format. BCFtools used for reading, writing BCF2,VCF, gVCF files and calling, filtering, summarising SNP and short indel sequence variants. HTSlib used for reading, writing high throughput sequencing data.KeywordsSamtools, BCFtools, HTSlib, next generation sequencing, nucleotide alignments, sequence variant, genomic, c, perl, read, alignment, nucleotide, sequence, data, process, sam, bam, cram, vcf, bcf, bio.toolsResource RelationshipsRelated ConditionFunding AgencyWellcome Trust , NHGRI Defining CitationPMID:19505943, PMID:21903627, DOI:10.1093/bioinformatics/btp352AvailabilityFree, Available for download, Freely availableWebsite StatusAlternate IDsSCR_018682, biotools:samtools, OMICS_01074, nlx_154607, OMICS_00090Alternate URLshttps://github.com/samtools/samtools, https://github.com/samtools/bcftools, https://github.com/samtools/htslib, https://bio.tools/samtools, https://sources.debian.org/src/samtools/Old URLshttp://samtools.sourceforge.net/Parent OrganizationResource IDSCR_002105Synonymssamtools, Samtools, Sequence Alignment Map TOOLS, SAMtools, SAM toolsMentions Count20900v_uuidbe4d2f2c-4f58-5a48-bf93-88586255aae8Publications that use this research resourcePMID:36966917PMID:37398426PMID:37745562PMID:37697439PMID:37988623PMID:37957315PMID:37790404PMID:37831087PMID:37985898PMID:37874259PMID:37930842PMID:37931958PMID:37934799PMID:37940077PMID:37757861PMID:37914396PMID:37917239PMID:37843152PMID:38124445PMID:38050973PMID:38051048PMID:38030223PMID:38200416PMID:38212123PMID:38212309PMID:38212799PMID:38213626PMID:38225592PMID:38226169PMID:38227589PMID:38228625PMID:38110836PMID:38112183PMID:38078714PMID:38084981PMID:38200076PMID:38170217PMID:38170979PMID:38178191PMID:38178226PMID:38157301PMID:38167338PMID:38251707PMID:38253421PMID:38254737PMID:38256710PMID:38273244PMID:38267456PMID:38270111PMID:38255821PMID:38256116PMID:38245839PMID:38229206PMID:38231044PMID:38233381PMID:38233755PMID:38233809PMID:38234769PMID:38182597PMID:38184621PMID:38190101PMID:38190231PMID:38194449PMID:38316929PMID:38319670PMID:38321434PMID:38323005PMID:38326302PMID:38326336PMID:38326859PMID:38334619PMID:38279992PMID:38280871PMID:38288254PMID:38289284PMID:38300798PMID:38302528PMID:38307625PMID:38310107PMID:37924441PMID:37943687PMID:37903919PMID:37889051PMID:37889076PMID:37415333PMID:37798879PMID:37751380PMID:37435641PMID:37307824PMID:37679557PMID:36871617PMID:37591783PMID:37587690PMID:38205261PMID:38206904PMID:38213995PMID:38216602PMID:38221635PMID:38224094PMID:37956108